Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Αναγνώρισης Θαλάσσιας Υπηρεσίας είναι οι ακόλουθες:
α) Η επικύρωση μεταβολών στα ναυτολόγια και στα ναυτικά φυλλάδια, χωρίς τη σύμπραξη της αρμόδιας αρχής, η έκδοση απόφασης για διόρθωση αιτιολογιών απόλυσης και εσφαλμένων στοιχείων ναυτολόγησης στα ναυτολόγια πλοίων ή στα ναυτικά φυλλάδια, η καταχώριση στα ναυτικά φυλλάδια της θαλάσσιας υπηρεσίας σε πλοία με ξένη σημαία και η ανασύνταξη απολεσθέντων ναυτολογίων.
β) Η διόρθωση, συμπλήρωση και κωδικοποίηση των στοιχείων των μηχανογραφικών μερίδων των ναυτικών από τα πρωτογενή στοιχεία.
γ) Η αναγνώριση θαλάσσιας υπηρεσίας ναυτικών σε πλοία με ελληνική ή ξένη σημαία, που έχει αποκτηθεί πριν ή μετά την απογραφή τους.
δ) Η αρχειοθέτηση και φύλαξη των ναυτολογίων των πλοίων, των καταστάσεων πληρωμάτων πλοίων με ξένη σημαία.
ε) Η έκδοση πιστοποιητικών και βεβαιώσεων θαλάσσιας υπηρεσίας για διάφορες χρήσεις.
στ) Ο έλεγχος των αποστελλομένων από το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο φακέλων των προς συνταξιοδότηση ναυτικών και η βεβαίωση της συνολικής θαλάσσιας υπηρεσίας αυτών με βάση τα στοιχεία της υπηρεσίας.