Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Εργασιακών Σχέσεων είναι οι ακόλουθες:
α) Η έρευνα των όρων και των συνθηκών εργασίας των ναυτικών στα υπό ελληνική σημαία πλοία, συμπεριλαμβανομένων των Ελλήνων ναυτικών στα πλοία υπό ξένη σημαία, η προώθηση μέτρων για τη ρύθμιση θεμάτων που αφορούν στη ναυτική εργασία, σε συνεργασία με συναρμόδιες Διευθύνσεις και η παρακολούθηση της διαμόρφωσης του δικαίου σύμβασης ναυτολόγησης.
β) Ο καθορισμός της ιεραρχίας και των καθηκόντων του προσωπικού των πλοίων στην εκτέλεση της εργασίας.
γ) Η κύρωση συλλογικών συμβάσεων ναυτικής εργασίας καθώς και ειδικών συμφωνιών και η μέριμνα για τη λήψη μέτρων που αφορούν στην έκδοση αποφάσεων για θέματα που δεν ρυθμίζονται από αυτές και η παρακολούθηση της διαμόρφωσης του δικαίου Συλλογικών Συμβάσεων στη ναυτική εργασία.
δ) Η μέριμνα για την επίλυση/διευθέτηση ατομικών και συλλογικών ναυτεργατικών διαφορών, η παρακολούθηση της σχετικής νομοθεσίας και η κωδικοποίηση της.
στ) Η παρακολούθηση της δραστηριότητας των Διεθνών Οργανισμών και των Οργάνων της Ε.Ε., η εκπροσώπηση σε αυτούς για θέματα ναυτικής εργασίας. Η μελέτη, εισήγηση και λήψη των απαραίτητων μέτρων.
ε) Η κύρωση Διεθνών Συμβάσεων και η σύναψη Συμφωνιών που αφορούν σε θέματα ναυτικής εργασίας και η εισήγηση για τη λήψη των απαραίτητων μέτρων, συμπεριλαμβανομένων αυτών για την εναρμόνιση της εθνικής νομοθεσίας με τις απαιτήσεις της ενωσιακής και διεθνούς νομοθεσίας επί θεμάτων αρμοδιότητος της Διεύθυνσης.
στ) Η παρακολούθηση των δραστηριοτήτων ναυτεργατικών οργανώσεων σε θέματα ναυτικής εργασίας, και η μέριμνα για τη λήψη καταλλήλων μέτρων.
ζ) Ο συντονισμός επί θεμάτων ναυτικής εργασίας που εξετάζονται στη Διεθνή Οργάνωση Εργασίας (I.L.O.) και η σύνταξη εκθέσεων για την εφαρμογή Διεθνών Συμβάσεων Εργασίας.
η) Η μέριμνα για τη ρύθμιση θεμάτων ύψους και όρων έκτακτης επιδότησης ανέργων ναυτικών.
θ) Η προώθηση νομοθετικών ρυθμίσεων που αφορούν στην παροχή προστασίας ναυτικών από τον Οίκο Ναύτου που εμπίπτουν στις αρμοδιότητες του Υπουργείου.
ι) Η μέριμνα για την προώθηση θεμάτων που αφορούν δικαιώματα περίθαλψης ναυτικών.
ια) Η μέριμνα για τη διερεύνηση περιστατικών ασθενειών και τραυματισμών Ελλήνων ναυτικών καθώς και αλλοδαπών ναυτικών που υπηρετούν σε υπό ελληνική σημαία πλοία και η κατάλληλη ενημέρωση του οικείου ηλεκτρονικού αρχείου.