Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Στελέχωσης Πλοίων είναι οι ακόλουθες:
α) Η ρύθμιση θεμάτων που αφορούν στη στελέχωση ελληνικών πλοίων.
β) Η έρευνα, μελέτη και προώθηση μέτρων για τη ρύθμιση θεμάτων που ανάγονται στην ισορροπία προσφοράς / ζήτησης ναυτικής εργασίας και στην απογραφή ναυτικών.
γ) Η παρακολούθηση της δραστηριότητας των Λιμενικών Αρχών και των Εδρών Ναυτιλιακών Ακολούθων στον τομέα της στελέχωσης των ελληνικών πλοίων, σύμφωνα με την εθνική νομοθεσία.
δ) Η ρύθμιση θεμάτων ύψους και όρων τακτικής επιδότησης ανέργων ναυτικών.
ε) Η εποπτεία της λειτουργίας και του έργου των Γραφείων Εύρεσης Ναυτικής Εργασίας (Γ.Ε.Ν.Ε.).
στ) Ο καθορισμός, σε συνεργασία με τη Διεύθυνση Εκπαίδευσης Ναυτικών, των ειδικοτήτων των Ελλήνων ναυτικών.
ζ) Ο καθορισμός όρων, προϋποθέσεων και διαδικασιών για την απόκτηση της ιδιότητας του ναυτικού.
η) Η τήρηση Μητρώων απογραφής ναυτικών, εργατών θαλάσσης και η κατάρτιση και τήρηση Μητρώου Ενεργών Ναυτικών.
θ) Η παραλαβή και ο έλεγχος των δικαιολογητικών των υποψηφίων προς απογραφή ναυτικών και εργατών θαλάσσης και η έκδοση ναυτικών φυλλαδίων. Η παραλαβή δικαιολογητικών από ενδιαφερόμενους αλλά και από τις απογράφουσες Λιμενικές Αρχές για έκδοση αντιγράφων ναυτικών φυλλαδίων και φυλλαδίων εργατών θαλάσσης, ο έλεγχος και η έκδοσή τους.
ι) Η συγκέντρωση και ο έλεγχος των δικαιολογητικών των απογραφομένων από τις Λιμενικές Αρχές ναυτικών, ο συντονισμός και η εξασφάλιση της ομοιόμορφης άσκησης του έργου τους. Η κατάρτιση και τήρηση ατομικών φακέλων ναυτικών.
ια) Η διαγραφή από τα Μητρώα απογραφής ναυτικών ή επαναπογραφή, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις.
ιβ) Η τήρηση, επεξεργασία και παρακολούθηση στατιστικών στοιχείων για το ναυτεργατικό δυναμικό της χώρας, σε συνεργασία με συναρμόδιους φορείς.
ιγ) Η μελέτη στοιχείων σύνθεσης αλλοδαπών πλοίων.