Οι αρμοδιότητες του Τμήματος Πειθαρχικού Ελέγχου Ναυτικών είναι οι ακόλουθες:
α) Η συγκρότηση των Πειθαρχικών Συμβουλίων Εμπορικού Ναυτικού.
β) Η συγκέντρωση του προανακριτικού υλικού που αφορά σε ποινικά αδικήματα και πειθαρχικά παραπτώματα που διαπράττονται από ναυτικούς πάνω σε πλοία, η μέριμνα για τη συμπλήρωση του υλικού αυτού και τη διαβίβαση του στα αρμόδια πειθαρχικά συμβούλια και στις αρμόδιες Εισαγγελικές Αρχές.
γ) Η παρακολούθηση των αμετάκλητων καταδικαστικών αποφάσεων των ποινικών δικαστηρίων και η παραπομπή των παραπάνω περιπτώσεων στα πειθαρχικά συμβούλια.
δ) Η τήρηση και συνεχής ενημέρωση του πειθαρχικού Μητρώου των ναυτικών, η εκτέλεση των αποφάσεων των πειθαρχικών συμβουλίων και ο χειρισμός θεμάτων μετατροπής πειθαρχικών ποινών.
ε) Η διαβίβαση των ασκούμενων εφέσεων στα πειθαρχικά συμβούλια.