Το Ταμείο Αρωγής Λιμενικού Σώματος διοικείται από διοικητικό συμβούλιο το οποίο συγκροτείται από:
-Έναν ανώτατο Αξιωματικό ΛΣ-ΕΛΑΚΤ , ως Πρόεδρο
-Έναν Πλοίαρχο ΛΣ-ΕΛΑΚΤ
-Έναν Αξιωματικό ΛΣ-ΕΛΑΚΤ ειδικότητας Οικονομικού
-Έναν Αξιωματικό ΛΣ-ΕΛΑΚΤ ειδικότητας Νομικού
-Έναν κατώτερο Αξιωματικό ή Ανθυπασπιστή ΛΣ-ΕΛΑΚΤ εξ Υπαξιωματικών ΛΣ-ΕΛΑΚΤ ή εκ Λιμενοφυλάκων.
ενώ επίσης συμμετέχει υποχρεωτικά ένας εκπρόσωπος της Π.Ο.Ε.Π.Λ.Σ. και ένας εκπρόσωπος της Π.Ε.Α.Λ.Σ., οι οποίοι εκλέγονται από τις γενικές συνελεύσεις των παραπάνω οργανώσεων.
Χρέη Γραμματέα εκτελεί κατώτερος Αξιωματικός ή Ανθυπασπιστής ΛΣ-ΕΛΑΚΤ.
Το Διοικητικό Συμβούλιο συγκροτείται με απόφαση του Υπουργού Ναυτιλίας και Αιγαίου και έχει διετή θητεία.
Η Υπηρεσία του Ταμείου διεξάγεται αποκλειστικά από στελέχη του Λ.Σ.-ΕΛΑΚΤ (Αξιωματικούς, Υπαξιωματικούς και Λιμενοφύλακες).