Ο Κλάδος Διοίκησης και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης χειρίζεται θέματα που αφορούν στο υπηρεσιακό καθεστώς του προσωπικού Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ., την οργάνωση, εκπαίδευση και επιμόρφωση αυτού σύμφωνα με τον ιδιαίτερο χαρακτήρα του ως στρατιωτικώς οργανωμένο Σώμα, το προσωπικό του οποίου έχει την ιδιότητα του στρατιωτικού και σε συνδυασμό με την αποστολή του Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ. στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων του Υπουργείου. Επίσης, ο Κλάδος διαχειρίζεται τα ζητήματα που αφορούν στην υλοποίηση των σύγχρονων απαιτήσεων για την εφαρμογή και την υποστήριξη εφαρμογής περιβάλλοντος ηλεκτρονικής διακυβέρνησης σε όλο το Υπουργείο, καθώς και το χειρισμό των θεμάτων που σχετίζονται με τις επικοινωνίες του.
Προς επίτευξη των στόχων αυτών, ο Κλάδος κατευθύνει και ελέγχει το έργο των υπαγόμενων σε αυτόν οργανικών μονάδων και περιλαμβάνει τις εξής Διευθύνσεις:
α. Διεύθυνση Προσωπικού Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ.
β. Διεύθυνση Εκπαίδευσης Προσωπικού Λ.Σ.-ΕΛ.ΑΚΤ.
γ. Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και Επικοινωνιών