Ο Κλάδος Ελέγχου Πλοίων έχει την αρμοδιότητα για τον έλεγχο των Εξουσιοδοτημένων Οργανισμών (Νηογνωμόνων), τον έλεγχο της ασφαλούς διαχείρισης των εταιρειών και πλοίων, τον έλεγχο διαχείρισης της ασφάλειας από έκνομες ενέργειες των πλοίων, λιμένων και λιμενικών εγκαταστάσεων, τον έλεγχο έγκρισης και θεώρησης σχεδίων-μελετών και παρακολούθησης των ναυπηγούμενων, μετασκευαζόμενων ή αρχικά επιθεωρούμενων πλοίων, την έγκριση των υλικών κατασκευής και μέσων εξοπλισμού των πλοίων, τη διενέργεια επιθεωρήσεων και ελέγχων σε αυτά και την έκδοση των προβλεπόμενων κυβερνητικών πιστοποιητικών ασφαλείας τους.
Προς επίτευξη των παραπάνω στόχων, ο Κλάδος κατευθύνει και ελέγχει το έργο των υπαγόμενων σε αυτόν οργανικών μονάδων και περιλαμβάνει τις εξής Διευθύνσεις:
α. Διεύθυνση Κανονισμών και Ελέγχου Οργανισμών
β. Διεύθυνση Μελετών και Κατασκευών Πλοίων
γ. Διεύθυνση Επιθεώρησης Πλοίων
δ. Διεύθυνση Ελέγχου Διαχείρισης της Ασφάλειας πλοίων και Λιμενικών Εγκαταστάσεων